היוזמה גובשה כחלופה לפינוי חיות המחמד – לאור האיסור על כך בחוק. המהלך עשוי למנוע התרבות ולסייע בהרחקת חתולים אחרים. בכך שואפים בפצ"ן לצמצם עד כמה שניתן התפרצות מחלות. בעלי חיים בעייתיים נוספים בגזרה הצפונית: שועלים ושפני סלע

החתולים המשוטטים בבסיסים של פיקוד הצפון יעברו הליכי סירוס ועיקור, במטרה למנוע הופעתם של חתולים אחרים בשטחי המחנות. יוזמה זו גובשה באחרונה בפיקוד על מנת לצמצם את היקף בעלי החיים בבסיסים ולסייע בבלימת התפרצות מחלות. המהלך מהווה חלופה לפינוי חיות המחמד מאזורי מחייתן, צעד שאסור על-פי חוק.

"החתול הוא חיה טריטוריאלית, שמונע מחתולים חדשים להיכנס לאזור המחיה שלו. הסירוס והעיקור יאפשרו לנו לנצל תכונה זו כדי להרחיק בעלי חיים נוספים, מבלי שהם יוכלו להתרבות", הסביר קצין בריאות הצבא בפיקוד הצפון, רס"ן רם בן יאיר. "כך, בסופו של תהליך, יצטמצם באופן משמעותי מספר החתולים המשוטטים בבסיסים".

כיום, קיימת תופעה שבה נוהגים חיילים לאמץ חתולים המשוטטים במחנות צבאיים, להאכיל, ללטף ולגדל אותם כאילו היו אלו חיות המחמד שלהם. התנהגות כזו עשויה להרגיל את החתולים לחיים בבסיס - מצב הגורר את התרבותם. לעתים, אזרחים המתגוררים בסביבת המחנות, ואינם מעוניינים עוד לטפל בחיית המחמד שלהם, משחררים את החתול בסמוך לבסיס, על מנת שאחד החיילים יאמץ אותו. גורמים בפיקוד הצפון ציינו כי אוכלוסיית בעלי החיים מהווה מקור למחלות שונות, בהן כלבת. במידה שחתול הנושא מחלה מגיע לשטח הבסיס, הוא עלול להדביק בה את החיילים באמצעות ליקוק, שריטה או מגע אחר.

כחלק מהטיפול בבעיית בעלי החיים המשוטטים, ערכו בעבר בפיקוד מבצעים ללכידת חיות בר. בבסיס בהר החרמון נערכה פעילות לתפיסה של יותר מ-100 שועלים שנעו ברחבי המחנה וסיכנו את המשרתים בו. השועלים הועברו לאזור אחר, שם יוכלו לחיות באין מפריע.

בעלי חיים נוספים המהווים מקור ל"כאב ראש" הם שפני סלע, המצויים באזור ראש הנקרה, ומצליחים לעתים לחדור לתחומי הבסיסים השוכנים בסביבה. השפנים מכרסמים כבלים חשמליים וציוד אלקטרוני, ועלולים ליצור בעיות במערכות ממוחשבות שונות. במסגרת ההתמודדות עם הבעיה, עמלים בפיקוד הצפון על תהליך איטום והרחקה של מחילות שפני הסלע מקרבת הבסיסים.